在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……...

时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。...

本作品主角三桥廉是个希望自己成为所属球队王牌投手的少年，在中学时期被认为靠着爷爷是三星学园经营者的关系，才能成为该校棒球部的王牌投手，因此队友对三桥有着极大的反感，结果不但造成其在中学三年一胜难求，更导致他懦弱、自卑又孤僻的个性，甚至一度考虑放弃棒球。 ...